Заседание семинара "Методы Монте-Карло в вычислительной математике и математической физике" 24.09.2019 в 10-30. "СЛУЧАЙНЫЕ ГРАФЫ КАК СТРУКТУРНЫЕ МОДЕЛИ СЕТЕЙ БЕЛОК-БЕЛКОВЫХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ", Гаврилов Денис Андреевич, Подколодный Николай Леонтьевич

Модели случайных графов, заданные структурные характеристики которых совпадают со структурными характеристиками анализируемой реальной биологической сети, можно рассматривать как структурные модели этой биологической сети.

В докладе представлены методы построения такого рода моделей, используя рандомизацию графа путем перестановки вершин в случайно выбранных парах ребер, удовлетворяющих заданным ограничениям. Описаны подходы к оценке числа шагов такой Марковской цепи, необходимых для получения случайного графа.

На базе программного пакета Cytoscape разработана клиент-серверная система, реализующая построение структурных моделей, имеющих различную степень приближения к анализируемой биологической сети по следующим характеристикам: распределение степеней вершин, совместное распределение степеней вершин (joint degree distribution), средняя степень соседних вершин, коэффициент кластеризации, спектр кластеризации, а также частоты структурных мотивов различных размеров

В докладе также представлены результаты вычислительного эксперимента по реконструкции различных структурных моделей сетей белок-белковых взаимодействий.