Заседание семинара "Методы Монте-Карло в вычислительной математике и математической физике" 24.09.2019 в 10-30. "СЛУЧАЙНЫЕ ГРАФЫ КАК СТРУКТУРНЫЕ МОДЕЛИ СЕТЕЙ БЕЛОК-БЕЛКОВЫХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ", Гаврилов Денис Андреевич, Подколодный Николай Леонтьевич

Cеминар ИВМиМГ СО РАН: 
Методы Монте-Карло в вычислительной математике и математической физике
Руководитель семинара: 
член-корр. РАН Г.А. Михайлов
Дата / Время проведения: 
вторник, 24 сентября, 2019 - 10:30
Место проведения: 
382 к., ИВМиМГ
Докладчик
Ф.И.О. докладчика: 
Гаврилов Денис Андреевич, Подколодный Николай Леонтьевич
Место работы: 
НГУ, ИВМиМГ СО РАН, ИЦиГ СО РАН
Название доклада: 
СЛУЧАЙНЫЕ ГРАФЫ КАК СТРУКТУРНЫЕ МОДЕЛИ СЕТЕЙ БЕЛОК-БЕЛКОВЫХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ
Аннотация доклада: 

Модели случайных графов, заданные структурные характеристики которых совпадают со структурными характеристиками анализируемой реальной биологической сети, можно рассматривать как структурные модели этой биологической сети.

В докладе представлены методы построения такого рода моделей, используя рандомизацию графа путем перестановки вершин в случайно выбранных парах ребер, удовлетворяющих заданным ограничениям. Описаны подходы к оценке числа шагов такой Марковской цепи, необходимых для получения случайного графа.

На базе программного пакета Cytoscape разработана клиент-серверная система, реализующая построение структурных моделей, имеющих различную степень приближения к анализируемой биологической сети по следующим характеристикам: распределение степеней вершин, совместное распределение степеней вершин (joint degree distribution), средняя степень соседних вершин, коэффициент кластеризации, спектр кластеризации, а также частоты структурных мотивов различных размеров

В докладе также представлены результаты вычислительного эксперимента по реконструкции различных структурных моделей сетей белок-белковых взаимодействий.