БИБЛИОТЕКА РЕАЛИЗАЦИИ АССОЦИАТИВНЫХ ВЫЧИСЛЕНИЙ НА ГРАФИЧЕСКИХ УСКОРИТЕЛЯХ CUSTAR: ПРЕДСТАВЛЕНИЕ ДАННЫХ ДЛЯ ЗАДАЧ БИОИНФОРМАТИКИ

Система cuSTAR разработана для реализации ассоциативных алгоритмов на GPU. Известно, что ассоциативные вычисления дают преимущество в решении проблем, для которых характерны поисковые запросы по большому объему неструктурированных данных. К такой проблеме относится и обработка геномов. С одной стороны, необходимо обрабатывать большие объемы данных. С другой стороны, различные задачи обработки последовательностей ДНК сводятся к сравнению двух последовательностей нуклеотидов. В этой работе мы рассмотрим используемые представления последовательностей нуклеотидов и их кодировку для использования системой cuSTAR.

Исследование выполнено в рамках государственного задания ИВМиМГ СОРАН 0251-2021-0005. Работа была представлена на международной конференции «Марчуковские научные чтения-2022».

 Список литературы
1.    СНЫТНИКОВА Т. В., НЕПОМНЯЩАЯ А. Ш. Решение задач на графах с помощью star- машины, реализуемой на графических ускорителях // Прикладная дискретная математика. 2016. № 3(33). С. 98-115.
2.    СНЫТНИКОВА Т. В. Реализация модели ассоциативных вычислений на GPU: библиотека базовых процедур языка star // Вычислительные методы и программирование. Новые вычислительные технологии. 2018. № 19. С. 85-95.
3.    COMPEAU Рн., PEVZNER Р. A., TESLER G. How to apply de bruijn graphs to genome assembly // Nature Biotechnology. 2011. V. 29(11). P. 987-991.